A középkortudományi programba felvett hallgatók az első évben próbaidős doktoranduszok lesznek. Ez a státus előreláthatóan egy évig tart, de maximum két évig tartható fent. Az első év folyamán a hallgatók folyamatosan részt vesznek a meghirdetett kurzusokon (20 kredit), sikeres alapképzési záróvizsgát (átfogó vizsgát) tesznek (minimum 3,5 tanulmányi átlagot elérve), benyújtanak egy disszertáció-tervezetet és megvédik azt, valamint teljesítik a nyelvi követelményeket. Az átfogó vizsga anyaga a középkortudomány számos területére kiterjed, s miután ezt a vizsgát a hallgatók sikeresen letették, doktoranduszokká („doktori cím várományosaivá”) válnak. Ezután, öt (vagy, ha két év alatt teszik le, négy) év áll rendelkezésükre, hogy disszertációjukat megírják.
A második és harmadik év során a doktori hallgatók idejüket a témájuknak megfelelő levéltárakban és könyvtárakban végzett kutatással, kötelező doktori szemináriumokon és választható kurzusokon való részvétellel, disszertációjuk írásával és a kötelező oktatási gyakorlat teljesítésével töltik. Emellett a doktori hallgatók négy tudományos gyakorlatot választanak, melyek felügyeletét a tanszék oktatói látják el – gyakorlatonként ez 1 kreditet jelent egyéni program keretében.
A doktori hallgatóknak legalább egy kutatási publikációt kell bemutatniuk a doktori szeminárium keretében, olyan módon, ahogyan azt egy tudományos konferencián tennék és minimum három publikációt kell benyújtaniuk a tanszéknek a védés dátumáig. Mivel a hallgatókat arra buzdítjuk, hogy legalább egy szemesztert egy másik egyetemen töltsenek doktori tanulmányaik során, a tanszék segítséget nyújt a hallgatók számára ilyen támogatások megpályázásában.
A hallgatók aktívan részt vehetnek a program által szervezett interdiszciplináris tudományos találkozók (workshop) előkészítő munkálataiban, valamint bekapcsolódhatnak a programon zajló tudományos eseményekbe vagy az azokkal kapcsolatos kiadványok szerkesztésébe. A doktori hallgatókkal szembeni elvárás, hogy tudományos eredményeiket a középkortudományokkal foglalkozó főbb konferenciákon bemutassák (Kalamazoo, US; Leeds, UK).
A doktori tanulmányok egyik legfontosabb eleme a kutatás. Ennél fogva, a hallgatókat arra ösztönözzük, hogy csatlakozzanak oktatóik által folytatott olyan kutatásokhoz, melyek egybeesnek érdeklődési területükkel (Középkori vizuális források; A kulturális örökség helyszíneinek monitorozása; A szír keresztények indiai kéziratainak megmentése; Középkori szövegek latin-angol kiadása, stb.). Az oktatók és hallgatók által végzett közös kutatások hozzájárulnak a program által szervezett nyári egyetemi kurzusok előkészítéséhez.