Összehasonlító történettudományból a doktori hallgatóknak egy szakterületet kell választaniuk és meg kell jelölniük a három közül azt a két régiót, amelyekre összehasonlító tanulmányaikat összpontosítják. A szakterületek a következők lehetnek: koraújkor-történet, újkortörténet, kortárs történelem, nacionalizmus- és társadalom-tudományok. A hallgatók, érdeklődési területük függvényében különbözőképpen definiálják a három régiót, Közép-Európát, Délkelet-Európát és Kelet-Európát.
Az első szemeszterben az összehasonlító történettudomány szemináriumok látogatása minden hallgató számára kötelező. A harmadik (nyári) szemeszterben a hallgatók a doktori alapképzés záróvizsgájára készülnek egy konzultációs órával és egyéni tanulással.
A második év rendszerint a kutatásra fordítandó, oly módon, hogy a hallgatók mindhárom szemeszterben kutatásukért, a konzultáción való részvételükért kapnak krediteket.
A harmadik évet megelőző időszakban a hallgatókat arra ösztönzik, hogy töltsenek el egy szemesztert egy külföldi egyetemen, ennek érdekében pályázzanak meg külföldi ösztöndíjakat és CEU kutatói ösztöndíjakat.
Tanulmányaik során a doktori hallgatóktól elvárjuk, hogy aktívan látogassák a lehető legtöbb nyilvános előadást, workshop-ot és kerekasztal-beszélgetést, melyet a tanszék szervez. A történettudományi doktori iskola tantestületének tagjai számos területen végeznek több időszakot felölelő kutatásokat, gyakran és széles körben publikálnak. Az összehasonlító történelemmel foglalkozó oktatói kar főként Közép- Délkelet- és Kelet-Európa korai újkori, újkori és jelenkori eszme, társadalom, kultúra és politika történetével kapcsolatos témákban végez kutatásokat. A középkorkutató oktatói kar számos különböző téma kutatásával foglalkozik a középkor történelme terén, a vallástól, művészetektől és kultúrától, a politikáig, demográfiáig és földrajzig terjedően. A tantestület tagjai pályázhatnak a CEU által nyújtott kutatási támogatásra, emellett buzdítjuk őket, hogy egyéb forrásból származó támogatásért is pályázzanak nagyobb méretű, monografikus projektek számára.